El concurso se inició en 1989 después de que el antiguo Presidente de la Comisión Europea, Jacques Delors, decidiera hacerse cargo de una feria científica de ámbito europeo que la empresa holandesa de electrónica Royal Philips llevaba organizando desde 1968. Philips consideró que había llegado el momento de que la Unión Europea se hiciera cargo de la organización después de 20 concursos Philips de gran éxito.

La Comisión Europea puso en marcha el concurso en Bruselas con el objetivo de promover la cooperación y el intercambio entre jóvenes investigadores y darles la oportunidad de debatir su trabajo con algunos de los científicos más destacados del mundo. Desde entonces, el certamen no ha dejado de celebrarse, dando a una generación de jóvenes investigadores la confianza necesaria para hacer carrera en la ciencia.

El concurso busca apoyar los esfuerzos nacionales para atraer a los jóvenes a estudiar Ciencia, Tecnología, Ingeniería y Matemáticas (STEM), y para que finalmente elijan carreras científicas y de investigación. Antes de llegar a Sofía (Bulgaria) en 2019, el concurso se ha celebrado en 25 ciudades diferentes de 18 países europeos. El número de jóvenes científicos participantes ha pasado de 53 en el primer concurso, en 1989, a una media de 150 al año, y sigue creciendo.

Tras ser acogido por Bulgaria en 2019, este año el EUCYS llega a España y se celebrará en Salamanca del 17 al 19 de septiembre de 2021.